קאנאמה מאדוקה (Kaname Madoka) בת ה14 היא ילדה ממוצעת ורגילה לכל דבר. לילה אחד, היא חולמת חלום בו נערה נאבקת בכוחות אפלים ורק היא יכולה להציל אותה... להפתעה מאדוקה מגלה למחרת שאותה נערה, אקמי הומורה (Akemi Homura) היא תלמידה חדשה בכיתתה. מאוחר יותר באותו היום בעת שהיא מבלה עם חברתה מיקי סאיאקה (Miki Sayaka), מאדוקה חוזה בהומורה רודפת אחרי יצור קטן בשם קיוביי (Kyuubey) במטרה להרוג אותו. למרות שמאדוקה מחליטה להציל אותו, היא וסאיאקה נקלעות לעוד צרות וניצלות על ידי נערה קסומה בשם טומואה מאמי (Tomoe Mami). קיוביי חושף את מטרתו, ומציע הצעה - הוא יוכל להגשים למאדוקה ולסאיאקה כל משאלה שירצו, אך יש לכך מחיר... אם הן יכרתו איתו חוזה, הן ייאלצו להפוך לנערות קסומות ולהילחם במכשפות. איזו משאלה כדאי לבקש? ומה היא המשמעות של להיות נערה קסומה?