בכפר נינג'ות מבודד, נער צעיר מתחבא לו בין עלים ושמו הוא אוזומאקי נארוטו! נארוטו, נער שובב ומזימתי, לומד באקדמיית הנינג'ות שם הוא לומד את כל מה שצריך כדי לעבור את בחינות הקבלה ולהפוך לנינג'ה רשמית. אך במקום להתאמץ בלימודיו, נארוטו בכל יום עושה ההפך וגורם רק לבעיות ולתככים בכל רחבי הכפר, דבר שגורם למורה שלו, אירוקה-סנסאי, לכעוס עליו מאוד. ומעל הכל, יש ספק גדול אם נארוטו בכלל יצליח לסיים את לימודיו. אבל לנארוטו יש חלום, חלום שבו הוא יהפוך לראש הכפר (או בשם שקוראים לתואר זה בכפר, הוקאגה) ובכך יהיה הנינג'ה החזקה ביותר בסביבה. אך למרות זאת, כל המבוגרים בכפר נותנים לנארוטו מבט מאיים. האמת היא, שלנארוטו יש סוד גדול שקשור ללידתו, סוד שאפילו הוא לא מודע אליו. לפני 12 שנים, Kyuubi no Youko ביפנית, בפירוש לעברית: "שועל בעל 9 הזנבות" (מין סוג של שד-מפלצת רוע שעשתה טרור בכפר וגרמה לכאוס מוחלט) נטמן בגופו של נארוטו כשעוד היה תינוק ע"י ההוקאגה באותה תקופה (ההוקאגה הרביעי). ראש האקדמיה לנינג'ות, מיזוקי, משתמש בנארוטו הבודד כדי לגנוב את מגילת הפוג'ין, מגילה המכילה את סודות הג'וטסו (מתקפות של נינג'ות) החזקים ביותר של הכפר. לאחר שנארוטו מגלה את השאיפות הזדוניות של מיזוקי, הוא גם שומע ממנו את הסיבה האמיתית לכך שכולם בכפר שונאים את נארוטו ודחו אותו כל השנים. נארוטו משתגע מכעס ובילבול ולאחר מאמץ גדול ועזרה מאירוקה-סנסאי מביס את מיזוקי והמגילה חוזרת למקומה. אירוקה, שרואה את ההתקדמות של נארוטו, מחליט לתת לנארוטו לסיים את לימודיו באקדמיה ולהפוך לנינג'ה בוגרת רשמית. נארוטו, יחד עם חבריו לכתה אוצ'יהא סאסקה והארונו סאקורה, שמוגרלים להיות איתו בצוות, עושים את צעדיהם הראשונים בתור נינג'ות ועוברים משימות וחוויות קשות ומיוחדות תחת מנהיגותו של האטקה קאקאשי.