חצי מאוכלוסיית כדור הארץ נספתה באסון קטסטרופלי המכונה "הפגיעה השניה". 14 שנים חלפו מאז, אך האיום עומד בעינו כאשר יצורי הענק העונים לשם מלאכים תוקפים בזה אחר זה את כדור הארץ, וכעת הגיע הזמן להלחם בחזרה. לשם כך נוסד ארגון NERV שמטרתו העיקרית היא פיתוח כלי לחימה שיעזרו להביס את המלאכים שמאיימים על כדור הארץ. כאשר כל הפתרונות הקונבנציונלים האחרים נכשלים.
שינג'י איקארי הוא נער בן 14. שנקרא לעיר הממוגנת טוקיו-3, שנבנתה לאחר שהטוקיו המוכרת לנו הושמדה בפגיעה השניה. ומגלה שהוא בין המתבגרים שנבחרו לתפעל את ה"אוונגליון", ישויות ענק רובוטיות שנוצרו בידי ארגון NERV על-מנת להלחם שווה בשווה במלאכים. איקארי נזרק לתוך עולם בו הוא אמור לתמרן בין המלחמה למען עתיד האנושות לבין חייו האישיים ולנסות לשמור על שפיותו. בבית הספר איקארי פוגש חברים רבים ומכיר את איאנאמי ריי שלומדת בכיתתו, נערה שקטה אשר הינה אבן יסוד של הלחימה במלאכים - מתפעלת האוונגליון Unit 00, שהוא אב-טיפוס.
בראש ארגון NERV עומד אביו של איקארי, גנדו איקארי, אשר אינו נרתע מן העובדה כי בנו נשלח למשימות אשר פעם אחר פעם שמות את חייו על הקצה. וכך גם למעסיקיו של גנדו לא אכפת מהנזק שנגרם לילדים הצעירים אותם הוא שוכר, לא פיזית ולא נפשית.
איקארי עובר לגור יחד עם מיסאטו קאטסוראגי, מנהלת מבצעים בארגון. בנסיון למצוא קצת שקט ואיזון בחייו. בעוד ההקרבה העצמית גובה מחיר כבד משינג'י, הוא לומד על החיים באמצעות הלחימה הקשה למען עתיד האנושות.